This depends how your images are stored in memory, if they are stored in a 3D array you can use the mean function
% generate 36 matrices, stored in a 3D array
IM = rand(60,60,36);
% here '3' indicates the 3d dimension (i.e. the slices)
MyMean = mean( IM, 3)
MyMean = 60×60
0.5423 0.5302 0.4499 0.6049 0.5529 0.4937 0.4482 0.5046 0.4249 0.5116 0.5654 0.5206 0.5490 0.4849 0.4883 0.4870 0.4785 0.5159 0.4727 0.4874 0.4605 0.5692 0.5124 0.5299 0.3905 0.5232 0.5547 0.4935 0.5231 0.4855
0.5468 0.4794 0.4764 0.5231 0.5032 0.5078 0.4658 0.4594 0.4497 0.5204 0.5166 0.4808 0.5565 0.4713 0.4848 0.4805 0.4335 0.5317 0.5321 0.4965 0.4896 0.5081 0.4681 0.3973 0.4686 0.4634 0.5425 0.5439 0.5559 0.4928
0.5300 0.5006 0.5265 0.4788 0.5069 0.5307 0.4282 0.5432 0.4681 0.4531 0.5471 0.5047 0.5714 0.4917 0.5110 0.5373 0.5117 0.4247 0.4278 0.4275 0.5413 0.5046 0.5123 0.4798 0.4597 0.5371 0.5881 0.4942 0.5025 0.5276
0.4752 0.4677 0.4788 0.4446 0.5567 0.4630 0.4647 0.5636 0.5216 0.5469 0.5187 0.4974 0.5457 0.5155 0.4299 0.5183 0.3784 0.4394 0.4890 0.4367 0.5318 0.4033 0.4858 0.5446 0.4996 0.4741 0.5789 0.4643 0.4695 0.5074
0.4532 0.3975 0.6091 0.4424 0.5648 0.4693 0.4671 0.4325 0.5529 0.4172 0.5023 0.4736 0.5148 0.5017 0.5227 0.5115 0.5303 0.4667 0.5141 0.5075 0.4537 0.4380 0.4438 0.5337 0.4947 0.5352 0.4409 0.4874 0.5363 0.5250
0.4288 0.5157 0.4929 0.4885 0.4616 0.5684 0.5134 0.5041 0.4447 0.4677 0.4846 0.4331 0.4827 0.5668 0.4760 0.4696 0.4597 0.5153 0.4943 0.5200 0.5452 0.5485 0.5282 0.5239 0.5404 0.4633 0.4966 0.4686 0.5248 0.4939
0.4564 0.4663 0.5359 0.5494 0.4919 0.5289 0.6235 0.4576 0.4335 0.5506 0.5256 0.4485 0.5047 0.4727 0.5368 0.4898 0.3592 0.4526 0.4088 0.5358 0.4045 0.3875 0.4460 0.4536 0.5408 0.4599 0.4638 0.5069 0.5380 0.5099
0.6138 0.3802 0.5928 0.4648 0.5081 0.4707 0.4212 0.4195 0.5440 0.4571 0.5042 0.5226 0.5296 0.5771 0.3977 0.5137 0.5115 0.4058 0.5647 0.4902 0.5190 0.5141 0.4769 0.5969 0.4781 0.4203 0.5499 0.4942 0.4371 0.4919
0.6080 0.5764 0.4546 0.4690 0.4312 0.5565 0.4930 0.4178 0.4755 0.4580 0.4496 0.4649 0.4300 0.4207 0.5368 0.4766 0.5311 0.4218 0.5017 0.4895 0.5588 0.5115 0.4546 0.5221 0.5602 0.5118 0.4663 0.5374 0.4802 0.4736
0.4812 0.5693 0.4882 0.5565 0.4741 0.5420 0.5190 0.5387 0.4813 0.5916 0.5528 0.5074 0.4795 0.5309 0.4927 0.5546 0.4946 0.5187 0.5807 0.5787 0.5524 0.5082 0.5658 0.5423 0.4987 0.6166 0.4134 0.5001 0.4329 0.4975
% subtract the mean from each slice
for i = 1:size(IM,3)
IM(:,:,i) = IM(:,:,i) - MyMean;
end