同様の問題に遭遇した人のために、検討した内容を追記します。
・Onlineをあきらめて、オフラインのMATLABにより処理を行いました。
・上記の問題は発生することなくなりました。また、Onlineでは、たまに発生していたusb web camera のtime out も発生しなくなりました。
(Onlineでは、通信の問題か、MATLAB Driveへのアクセスに問題がありそうな気がしました。)
・ただし、今回はubuntuにインストールしたので、web cameraの設定に制限がありました。
cameraの解像度の設定が自由に出来ず、自動的に高解像度の設定になり、フレームレートがあがりません。
・この問題を調査してみると、windows版であれば解決しそうなので、これからwindows版でテストしてみます。