こんにちは。おそらく、コード自体はただしく実行できていて、２回目の学習のエポック（イテレーション）が１からカウントされている、ということではないでしょうか。
２回目の学習も、通常のCNNのコードで、学習を継続したものかは意識していないので、その２回目の学習自体のエポック数が表示されているものと思います。
ただ、初期値自体は、１回目の学習のものを継承しているので、
1回目の学習から数えてエポックが、N（＝１回目のエポック数）+１番目である（２回目の学習の視点から考えると１回目のエポック）とも考えられるのではないでしょうか。実際、ドキュメントのほうも、２回目の学習のイテレーションは１から記録されています。
また、デフォルトの設定では、学習がすすむにつれて、学習率が減少していくようになっているはずで、２回目の学習も同じ初期学習率で設定してしまうと、厳密には、学習の再スタートにはならないものと思います。
